我家的山地在1990年因為公路擴建被征收了，公路建成后，還有一部分留下，那一部分一直都由我們自己使用，后在2002年與他人發(fā)生糾紛，鎮(zhèn)政府就將該土地栽決給了我們，鎮(zhèn)政府的處理書上有注明我們有使用權。但現在對方又要和我們爭，并在給山地中建房，請問我們以土地侵權案件起訴，法院是否受理擁有使用權的常耕土地現在被他人侵占建房，是由土地行政部門處理還是法院處理，如果由法院處理是否需要在土地行政部門辦理材料，謝謝