2015年1月，王莊村民李某占用本村耕地挖砂。經查，李某挖砂破壞的耕地地類為一般耕地，面積2400平方米，屬一般違法行為，國土資源管理部門遂對其作出行政處罰。隨后,李某將所破壞的2400平方米耕地墊土復耕,土層厚度達50厘米,王莊村委會出具李某所破壞的耕地已恢復種植條件的證明。在結案審核時,有人認為村委會沒有認定耕地種植條件的資質,其出具的證明不能作為認定李某已把破壞的耕地恢復種植條件的依據。請問恢復土地耕種條件應由什么部門進行認定，又該如何認定呢？